BD ssgep-single-sample-expression
Навык анализа экспрессии генов по одному образцу без повторов (SSGEP — Single Sample Gene Expression Profile). Полный цикл анализа экспрессии генов в транскриптоме растений/рода сливы и т. д.: получение исходных данных → контроль качества и количественная оценка → дифференциальный анализ и обогащение GO/KEGG → WGCNA коэкспрессия → генетическая дифференциация SNP → построение графиков DPI 600 → три формата для статей (HTML/DOCX/PPTX) + интерактивность Shiny. **Четко поддерживаются два режима**: Режим A: один образец без биологических повторов (только 1 образец на условие, используется метод фиксированной дисперсии 0.1 + метод изменения кратности); Режим B: с биологическими повторами (стандартная оценка дисперсии DESeq2/edgeR + формула дизайна). Вызывается, когда пользователь хочет провести анализ экспрессии РНК-сек, дифференциальных генов (DEG), WGCNA, поиск функциональных генов или запрашивает «три формата для статей/анализ экспрессии/пакетный проект проекта».
машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«单样本无重复表达谱技能（SSGEP — Single Sample Gene Expression Profile）。植物/梨属等转录组表达…»
单样本无重复表达谱技能（SSGEP — Single Sample Gene Expression Profile）。植物/梨属等转录组表达谱分析全流程：原始数据获取→质控定量→差异与GO/KEGG富集→WGCNA共表达→SNP遗传分化→600DPI出图→论文三格式(HTML/DOCX/PPTX)+Shiny交互。**明确支持两种模式**：模式A 单样本无生物学重复（每个条件仅1样本，用固定离散度0.1+折叠变化法）；模式B 有生物学重复（标准DESeq2/edgeR离散度估计+设计公式）。当用户要做RNA-seq表达谱、差异基因(DEG)、WGCNA、功能基因挖掘，或要求"出论文三格式/做表达谱分析/打包项目案例"时调用。
Навык анализа экспрессии генов по одному образцу без повторов (SSGEP — Single Sample Gene Expression Profile).
Как процесс D 43/100 · Процесс не доведён — слабые места: результат и критерий готовности, когда включается, входы и предусловия
Как улучшить
- Скажите в description, КОГДА применять скилл («используй, когда…», примеры запросов): это главный сигнал для агента.
- Свои кейсы (evals/evals.json, 4–6 реальных запросов с ожидаемыми ответами): тогда полная проверка прогонит именно их, а не черновик от модели.
- spec.yaml с триггерными фразами и утверждениями — контракт поведения для CI; `skilltest init` создаст шаблон.
Находки guard · 0
✓ Критических и высоких находок нет
Просканировано файлов: 3. Улики замаскированы. Пометки в серых чипах объясняют, почему серьёзность понижена.
По спецификации Agent Skills
- предупреждение
description-no-whendescription не говорит, КОГДА применять скилл (нет "use when / используй когда") - заметка
frontmatter-keyнеизвестное поле фронтматтера "agent_created"
Процессный рейтинг: все десять параметров 43/100
- 0Результат и критерий готовности. Не сказано, что считать результатом
- 0Входы и предусловия. Не сказано, что нужно иметь на входе
- 0Ошибки и развилки. Линейный процесс без обработки сбоев
- 0Отчётность по ходу. Скилл ничего не сообщает по ходу работы
- 20Когда включается. Не сказано, при каком запросе скилл включается
- 30Повторный запуск. Изменяющих операций: 5, без проверки текущего состояния
- 60Инструменты и файлы. Используются инструменты (python), но во frontmatter они не объявлены
- 100Шаги. Шагов: 69
- 100Согласованность. Имя и обязательные поля на месте
- 100Стоимость исполнения. Тело инструкции 1918 токенов
- low Разделов верхнего уровня: 10. Похоже на несколько доменов в одном скилле
Всё перечисленное измерено по тексту скилла, а не оценено моделью: цифры проверяемы. Вес параметра тем больше, чем чаще из-за него процесс встаёт.
Сигналы качества
- +5В description нет примеров фраз, по которым скилл должен срабатывать
- +4Описание не говорит, когда скилл НЕ применять (ложные срабатывания)
- +3Формат ответа не описан: модель каждый раз решает сама
- -4Абсолютные локальные пути (C:\Users, /home/…): скилл не переносим
- -2Ссылки на localhost: у другого пользователя не заработает
- +1Лицензия не указана
- +2Инструкции на одном языке
- +3Длина description 316 символов: достаточно сигнала, не съедает бюджет
- +4Структура: 17 заголовков
- +3Пошаговые инструкции: 69 пунктов
- +4Есть примеры (3 блоков кода)
База качества 70; замечания lint вычитаются, сигналы прибавляют до 100. Итог: 65.