AD gromacs-protein-analysis
Руководство по рабочему процессу анализа молекулярно-динамического моделирования белков. Вызывается, когда агенту необходимо выполнить определенный анализ, но он не знает точного рабочего процесса. Охватывает полный рабочий процесс девяти основных анализов: (1) Коррекция PBC — устранение артефактов периодических граничных условий, центрирование белка/лиганда; (2) Анализ RMSD — измерение стабильности структуры и сходимости моделирования; (3) Анализ RMSF — оценка гибкости каждого остатка; (4) Анализ радиуса вращения — оценка плотности и состояния сворачивания белка; (5) Анализ SASA — исследование доступности растворителя и свойств поверхности; (6) Анализ DCCM — матрица динамических корреляций, исследование коррелированных движений между атомами; (7) Анализ RDCM — матрица контактов остатков, анализ пространственных взаимоотношений между остатками; (8) Анализ PCA — главные компоненты, выявление коллективных движений и конформационных изменений; (9) Анализ FEL — отображение свободной энергии, использование RMSD/Gyrate или PCA в качестве координат реакции. Включает описание зависимостей между анализами (например, FEL зависит от результатов PCA или RMSD/Gyrate).
машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«蛋白质分子动力学模拟分析的流程知识指南。当 Agent 需要执行某个分析但不清楚具体流程时调用。涵盖九种核心分析的完整工作流：(1) PBC…»
蛋白质分子动力学模拟分析的流程知识指南。当 Agent 需要执行某个分析但不清楚具体流程时调用。涵盖九种核心分析的完整工作流：(1) PBC 修正 - 消除周期性边界伪影，居中蛋白质/配体；(2) RMSD 分析 - 测量结构稳定性和模拟收敛性；(3) RMSF 分析 - 评估每个残基的灵活性；(4) 回转半径分析 - 评估蛋白质紧密性和折叠状态；(5) SASA 分析 - 研究溶剂可及性和表面性质；(6) DCCM 分析 - 动态互相关矩阵，研究原子间相关运动；(7) RDCM 分析 - 残基距离接触矩阵，分析残基间空间关系；(8) PCA 分析 - 主成分分析，识别集体运动和构象变化；(9) FEL 分析 - 自由能景观映射，使用 RMSD/Gyrate 或 PCA 作为反应坐标。包含分析间的依赖关系说明（如 FEL 依赖 PCA 或 RMSD/Gyrate 结果）。
Руководство по рабочему процессу анализа молекулярно-динамического моделирования белков.
Как процесс D 48/100 · Процесс не доведён — слабые места: результат и критерий готовности, когда включается, входы и предусловия
Как улучшить
- Скажите в description, КОГДА применять скилл («используй, когда…», примеры запросов): это главный сигнал для агента.
- Свои кейсы (evals/evals.json, 4–6 реальных запросов с ожидаемыми ответами): тогда полная проверка прогонит именно их, а не черновик от модели.
- spec.yaml с триггерными фразами и утверждениями — контракт поведения для CI; `skilltest init` создаст шаблон.
Находки guard · 0
✓ Критических и высоких находок нет
Просканировано файлов: 11. Улики замаскированы. Пометки в серых чипах объясняют, почему серьёзность понижена.
По спецификации Agent Skills
- предупреждение
description-no-whendescription не говорит, КОГДА применять скилл (нет "use when / используй когда")
Процессный рейтинг: все десять параметров 48/100
- 0Результат и критерий готовности. Не сказано, что считать результатом
- 0Входы и предусловия. Не сказано, что нужно иметь на входе
- 0Ошибки и развилки. Линейный процесс без обработки сбоев
- 20Когда включается. Не сказано, при каком запросе скилл включается
- 60Инструменты и файлы. Используются инструменты (bash), но во frontmatter они не объявлены
- 100Шаги. Шагов: 61
- 100Согласованность. Имя и обязательные поля на месте
- 100Стоимость исполнения. Тело инструкции 1636 токенов
- 100Повторный запуск. Изменяющих операций нет
- 100Отчётность по ходу. Скилл сообщает о ходе работы
- low Разделов верхнего уровня: 10. Похоже на несколько доменов в одном скилле
Всё перечисленное измерено по тексту скилла, а не оценено моделью: цифры проверяемы. Вес параметра тем больше, чем чаще из-за него процесс встаёт.
Сигналы качества
- +5В description нет примеров фраз, по которым скилл должен срабатывать
- +4Описание не говорит, когда скилл НЕ применять (ложные срабатывания)
- +3Формат ответа не описан: модель каждый раз решает сама
- +1Лицензия не указана
- +2Инструкции на одном языке
- +3Длина description 391 символов: достаточно сигнала, не съедает бюджет
- +4Структура: 34 заголовков
- +3Пошаговые инструкции: 61 пунктов
- +4Есть примеры (1 блоков кода)
- +4Справочные файлы упоминаются в инструкциях (9 из 9)
База качества 70; замечания lint вычитаются, сигналы прибавляют до 100. Итог: 76.