SKILLEMALL.ai

AC gromacs-skills

Справочник команд для программного обеспечения молекулярной динамики GROMACS. Вызывается, когда агенту необходимо выполнить команду GROMACS, но он не уверен в ее использовании. Функции охватывают: (1) Обработка топологии и структуры — pdb2gmx, editconf, solvate, insert-molecules, genrestr; (2) Настройка и запуск симуляции — grompp, mdrun; (3) Обработка траектории — trjconv (коррекция PBC, преобразование формата), trjcat (склеивание траекторий); (4) Анализ энергии — energy, enconv, bar; (5) Анализ траектории — rms, rmsf, gyrate, hbond, distance, angle, dihedral, sasa, cluster, mindist; (6) Анализ структуры — covar, anaeig (PCA), mdmat, sham (FEL); (7) Индексация и выбор — make_ndx, select, genion; (8) Инструменты — xpm2ps, check, wham. Подчеркивается приоритетное использование gmx <command> -h для просмотра локальной справки.

машинный переводПоказать оригиналСкрыть оригинал«GROMACS 分子动力学模拟软件命令参考。当 Agent 需要执行 GROMACS 命令但不清楚用法时调用。功能覆盖:(1) 拓扑与结构处…»

GROMACS 分子动力学模拟软件命令参考。当 Agent 需要执行 GROMACS 命令但不清楚用法时调用。功能覆盖:(1) 拓扑与结构处理 - pdb2gmx、editconf、solvate、insert-molecules、genrestr;(2) 模拟设置与运行 - grompp、mdrun;(3) 轨迹处理 - trjconv(PBC修正、格式转换)、trjcat(轨迹拼接);(4) 能量分析 - energy、eneconv、bar;(5) 轨迹分析 - rms、rmsf、gyrate、hbond、distance、angle、dihedral、sasa、cluster、mindist;(6) 结构分析 - covar、anaeig(PCA)、mdmat、sham(FEL);(7) 索引与选择 - make_ndx、select、genion;(8) 工具 - xpm2ps、check、wham。强调优先使用 gmx <command> -h 查看本地帮助。

ClawHub Agent Skills автор: CharlesHahn v1.0.0 MIT-0 4 файла тело ≈ 1 179 токенов Открыть источникclawhub.ai проанализирован 2 дн назад

Справочник команд для программного обеспечения молекулярной динамики GROMACS.

Как процесс C 55/100 · Есть пробелы — слабые места: результат и критерий готовности, когда включается, входы и предусловия

ГенераторИнфраструктураИИ и агентытип и темы размечены автоматически по тексту скилла
JSON
Технический рейтинг
A
90/100
безопасность, качество, тесты
Безопасность 60%
100
Качество 40%
76
Прогон на моделях
не было
Процессный рейтинг
C
55/100
Есть пробелы
Результат и критерий готовности вес 14
0
Входы и предусловия вес 11
0
Ошибки и развилки вес 10
0
три самых слабых из десяти параметров · все десять

Как улучшить

  1. Скажите в description, КОГДА применять скилл («используй, когда…», примеры запросов): это главный сигнал для агента.
Для прогона на моделях — необязательно
  • Свои кейсы (evals/evals.json, 4–6 реальных запросов с ожидаемыми ответами): тогда полная проверка прогонит именно их, а не черновик от модели.
  • spec.yaml с триггерными фразами и утверждениями — контракт поведения для CI; `skilltest init` создаст шаблон.

Находки guard · 0

✓ Критических и высоких находок нет

Просканировано файлов: 4. Улики замаскированы. Пометки в серых чипах объясняют, почему серьёзность понижена.

По спецификации Agent Skills

  • предупреждение description-no-when description не говорит, КОГДА применять скилл (нет "use when / используй когда")

Процессный рейтинг: все десять параметров 55/100

  • 0Результат и критерий готовности. Не сказано, что считать результатом
  • 0Входы и предусловия. Не сказано, что нужно иметь на входе
  • 0Ошибки и развилки. Линейный процесс без обработки сбоев
  • 20Когда включается. Не сказано, при каком запросе скилл включается
  • 100Инструменты и файлы. Внешние инструменты не нужны
  • 100Шаги. Шагов: 27
  • 100Согласованность. Имя и обязательные поля на месте
  • 100Стоимость исполнения. Тело инструкции 1179 токенов
  • 100Повторный запуск. Изменяющих операций нет
  • 100Отчётность по ходу. Скилл сообщает о ходе работы
  • low Разделов верхнего уровня: 13. Похоже на несколько доменов в одном скилле

Всё перечисленное измерено по тексту скилла, а не оценено моделью: цифры проверяемы. Вес параметра тем больше, чем чаще из-за него процесс встаёт.

Сигналы качества

  • +5В description нет примеров фраз, по которым скилл должен срабатывать
  • +4Описание не говорит, когда скилл НЕ применять (ложные срабатывания)
  • +3Формат ответа не описан: модель каждый раз решает сама
  • +1Лицензия не указана
  • +2Инструкции на одном языке
  • +3Длина description 442 символов: достаточно сигнала, не съедает бюджет
  • +4Структура: 24 заголовков
  • +3Пошаговые инструкции: 27 пунктов
  • +4Есть примеры (9 блоков кода)
  • +4Справочные файлы упоминаются в инструкциях (2 из 2)

База качества 70; замечания lint вычитаются, сигналы прибавляют до 100. Итог: 76.

Внешние проверки

ClawHub: clean
This is a Markdown-only GROMACS command reference with disclosed local command examples that fit molecular simulation work.
LLM: benign (high) · VirusTotal: · 29 мая 2026 г.